Зимой 1987/1988 годов в Азербайджан начали прибывать беженцы-азербайджанцы из Кафанского и Мегринского районов Армянской ССР. Согласно азербайджанским источникам, первые группы беженцев начали прибывать в январе 1988 года, а к 18 февраля их число превысило 4 тыс.[4] Специалист по проблемам безопасности и государственного строительства в Юго-Западной и Центральной Азии Сванте Корнелл[40] пишет в своём исследовании Карабахского конфликта (1999), что первая волна беженцев из Армении достигла Баку в конце января, при этом большинство прибывших были размещены в районе Сумгаита. По его словам, в течение февраля до Баку докатились «ещё две волны беженцев»[15]. Британский журналист Том де Ваал, выпустивший в 2005 году художественно-документальную книгу «Чёрный сад» об истории Карабахского конфликта, приводит свидетельства двух человек, утверждающих, что видели в Баку азербайджанских беженцев из Армении ещё в ноябре 1987 года и январе 1988 года. В то же время он пишет, что Арамаис Бабаян, в 1988 году второй секретарь Кафанского комитета КП Армении, говорил ему, что «не может припомнить ни одного случая, чтобы азербайджанцы покидали территорию района до февраля». При этом, по словам Тома де Ваала, Арамаис Бабаян подтвердил, что в одну из ночей в феврале 1988 года «две тысячи азербайджанцев» действительно покинули Кафанский район, но приписал причину этого массового исхода слухам и «провокациям»[35]. Армянская сторона настаивает на том, что первые азербайджанские беженцы покинули Армению лишь в феврале 1988 года, и ставит под сомнение свидетельства, которые приводит Том де Ваал, указывая на его явную ангажированность[41]. В частности, Арсен Мелик-Шахназаров ссылается на Константина Воеводского, одного из создателей «Санкт-Петербургского Комитета гуманитарной помощи Арцаху», согласно которому 200 азербайджанцев выехали из Кафана в Баку одним поездом в ночь с 26 на 27 февраля, объясняя свой отъезд уговорами родственников[42]. Прибыв в Азербайджан, беженцы рассказывали о пережитых ужасах и применявшемся к ним насилии.

Тем временем азербайджанские власти пытались использовать привычные рычаги, чтобы вернуть контроль над ситуацией. В связи с ростом призывов к объединению Нагорного Карабаха с Арменией 10 февраля Азербайджанское информационное агентство заявило, что Азербайджан никогда не примет подобные требования[15]. 11 февраля в Степанакерт выехала многочисленная группа представителей руководства Азербайджанской ССР и республиканской партийной организации, которую возглавил второй секретарь ЦК КПАз Василий Коновалов. В группу входили также заведующий отделом административных органов ЦК КПАз (ранее — первый секретарь Шамхорского райкома КПАз) М. Асадов, заместители руководителей республиканских КГБ, МВД, прокуратуры, Верховного суда и обеспечивающие их безопасность сотрудники правоохранительных органов. В ночь с 11 на 12 февраля в Степанакерте прошло расширенное заседание бюро обкома КПАз с участием приехавших из Баку руководителей. На бюро было принято решение осудить «националистические», «экстремистско-сепаратистские» процессы, набирающие силу в регионе, и провести 12—13 февраля «партийно-хозяйственные активы» в городе Степанакерте и во всех районных центрах НКАО, а затем — на уровне автономной области, с тем чтобы противопоставить растущему народному недовольству всю мощь единого партийно-хозяйственного аппарата[43].

12 февраля в актовом зале Степанакертского горкома КПАз состоялся городской партийно-хозяйственный актив с участием представителей из Баку, местных партийных руководителей, руководителей государственных учреждений, предприятий, профкомов и парторгов. В президиуме — Василий Коновалов, первый секретарь обкома Борис Кеворков, первый секретарь бюро горкома Завен Мовсесян. Мовсесян и Кеворков, выступая в начале собрания, заявили, что за событиями в Карабахе стоят «экстремисты» и «сепаратисты», которым не удастся повести за собой народ. Василий Коновалов, продолжая эту мысль, заявил, что организаторы известны и будут изолированы от общества, сепаратизм должен быть осуждён, а Карабах останется неотъемлемой частью Азербайджанской ССР. Первоначально собрание шло по заранее подготовленному сценарию, выступающие декларировали тезис о нерушимом братстве азербайджанцев и армян и пытались свести проблему к критике отдельных хозяйственных недостатков. Через некоторое время, однако, на трибуну прорвался начальник местной автоколонны Максим Мирзоян, который подверг резкой критике Бориса Кеворкова за безразличие и пренебрежение национальной спецификой Карабаха, «азербайджанизацию» и проведение демографической политики, способствующей снижению доли армянского населения в регионе. Это выступление привело к тому, что собрание вышло из-под контроля партийных руководителей и члены президиума покинули зал. Известие о провале собрания дошло до соседнего Аскерана, и запланированный здесь районный партийно-хозяйственный актив с участием бакинской делегации также пошёл не по намеченному сценарию. Попытка провести в тот же день партийно-хозяйственный актив в Гадрутском районе вообще привела к стихийному митингу. Планы азербайджанского руководства уладить ситуацию оказались сорванными. Партийно-хозяйственные руководители Карабаха не только не осудили «экстремизм», но наоборот, активно его поддержали[44][45]. Характеризуя сложившуюся в те дни ситуацию, Том де Ваал пишет:

«В те февральские дни 1988 года многие советские руководители вдруг осознали, что стоят на ногах совсем не так твёрдо, как им казалось. Две составные части коммунистической партии открыто спорили друг с другом, и московское руководство быстро пришло к выводу, что мятежников нельзя сокрушить привычными силовыми методами. Применив на практике дух новой горбачёвской терпимости, Политбюро объявило лидерам азербайджанской компартии, что они должны действовать исключительно „партийными методами“ — убеждением, а не силой, — чтобы погасить конфликт»[35].

На следующий день после собрания в Степанакерте был организован массовый митинг (одним из организаторов был Игорь Мурадян[35]). Горисполком дал разрешение на его проведение, обозначив цель — «требование о воссоединении НКАО с Арменией». Зав. отделом ЦК КП Азербайджана М. Асадов безуспешно пытался помешать проведению митинга. Тем временем, как утверждают участники событий, исполнительные власти автономной области оказались расколотыми и утратили контроль над ситуацией. Руководство взял на себя Совет директоров, в который вошли главы крупных предприятий области и отдельные активисты. Совет принял решение провести сессии городских и районных советов, а затем созвать сессию областного Совета народных депутатов[46]. Тем временем представители Баку продолжали давление на власти НКАО и местных партийных руководителей, временами прибегая к открытому шантажу и угрозам урегулировать конфликтную ситуацию применением силы.

14 февраля азербайджанское партийное руководство попыталось обратиться к населению НКАО через областную газету .......... Карабах», охарактеризовав происходящие события как «экстремистские и сепаратистские», инспирированные армянскими националистами. В результате вмешательства Совета директоров обращение так и не было опубликовано[43]. На следующий день поэтесса Сильва Капутикян выступила в поддержку карабахских армян на заседании Союза писателей Армении (англ.)русск. — одной из наиболее влиятельных общественных организаций республики[35]. В Степанакерте и районных центрах НКАО прошли сессии Советов народных депутатов для обсуждения вопроса о воссоединении НКАО с Армянской ССР, а с 16 февраля до 2 марта митинг на центральной площади Степанакерта практически не прекращался. 19 февраля из Тбилиси в Степанакерт для усиления местной милиции был переброшен батальон Внутренних войск МВД СССР[35][44]. В тот же день в Баку прошла первая акция политического протеста. Группа студентов, рабочих и представителей интеллигенции прошла от здания Академии наук к Верховному Совету, неся плакаты, провозглашающие принадлежность Нагорного Карабаха Азербайджану[32].

20 февраля внеочередная сессия народных депутатов НКАО, созванная поздно вечером в субботу по требованию депутатов-армян, обратилась к Верховным Советам Армянской ССР, Азербайджанской ССР и СССР с просьбой рассмотреть и положительно решить вопрос о передаче НКАО из состава Азербайджана в состав Армении. Депутаты-азербайджанцы отказались участвовать в голосовании. Ничего не смог сделать и присутствовавший на сессии первый секретарь ЦК КП Азербайджана К. М. Багиров[15]. В решении, опубликованном на следующий день в газете .......... Карабах», говорилось:

«Идя навстречу пожеланиям трудящихся НКАО, просить Верховный Совет Азербайджанской ССР и Верховный Совет Армянской ССР проявить чувство глубокого понимания чаяний армянского населения Нагорного Карабаха и решить вопрос о передаче НКАО из состава Азербайджанской ССР в состав Армянской ССР, одновременно ходатайствовать перед Верховным Советом Союза ССР о положительном решении вопроса передачи НКАО из состава Азербайджанской ССР в состав Армянской ССР»[47].