Не сложилось у Кононова с театром. После окончания училища имени Щепкина в 1963 году Михаил Кононов пришёл в Малый театр. Поначалу казалось, он вписался в театральную среду. Однако в дальнейшем отношение руководства Малого театра к молодому актёру изменилось — ходили слухи, будто мэтрам не нравилось, что Кононов делает карьеру в кино. Спустя пять лет актёр покинул театральные подмостки навсегда.

В 1997 году Михаилу Ивановичу пришлось продать квартиру в центре Москвы, чтобы купить дом в Истринском районе, в деревне Бутырки (под Можайском). Восемь лет шёл ремонт постройки конца ХIХ века. Так что жили Кононовы всё это время, можно сказать, на стройке и на деньги от продажи выращенных на своём огороде овощей. За год до смерти Михаила Ивановича Кононовы вернулись в Москву, поселились на окраине в маленькой двушке.

С конца 80-х актёр всё реже появлялся на экране. От предложений чаще отказывался, с новым поколением в кинематографе принципиально не дружил и редко появлялся на людях.
Свой отказ от съёмок в последние годы жизни актёр объяснял нежеланием размениваться по мелочам и делать себе славу на безвкусице. После возвращения в Москву, работал руководителем службы маркетинга. Писал сценарии, и по его собственным словам, "искал себя".

Актёр недолюбливал те свои работы, которые принесли ему популярность зрителей — "Начальник Чукотки", "Большая перемена" или "Гостья из будущего". "Если говорить о признании в профессиональных кругах, — говорил актёр, — то больший успех принесла мне небольшая роль Фомы в картине "Андрей Рублёв".

Одна из последних его работ — роль в фильме Глеба Панфилова "В круге первом" (2006). Там он снимался, когда был уже сильно болен. "Миша говорил там так, что каждое его слово пронзало сердце, но, к сожалению, никто из кинокритиков не заметил и не отметил это", — говорит Инна Чурикова, партнёром которой Кононов был в таких легендарных кинокартинах, как "Начало" и "В огне брода нет".

Перед смертью он написал книгу, которую ему не на что было опубликовать. Несмотря на тяжёлое состояние, в последние дни своей жизни всенародно любимый актёр старался не терять присутствие духа.

Заслуженный артист РСФСР (1989).
Народный артист России (1999).
роли в кино
2006 В круге первом :: Спиридон Данилович Егоров
Последняя роль в кино
2000 Витрина
2000 Антология приколов (киноальманах)
1997 Царевич Алексей :: поп
1994 Курочка ряба | Riaba ma poule (Россия, Франция) :: отец Никодим
1993 Вспоминая Чехова (не был завершен)
1993 Великий муравьиный путь
1992 Прекрасная незнакомка | Beautiful Stranger, A | Piekna nieznajoma (Россия, Польша) :: купец
1991 Мементо мори :: железнодорожник
1991 Ближний круг | Inner Circle, The | Il proiezionista (Италия, США, СССР) :: Ворошилов
1990 Царская охота | Ruské impérium (Италия, СССР, Чехословакия) :: Кустов
1990 Здравия желаю! или Бешеный дембель :: капитан Бодров :: главная роль
командир части
1989 Пиры Валтасара, или Ночь со Сталиным :: Офицер КГБ
1987 Христиане :: сумасшедший
слушатель в суде
1987 Разорванный круг :: Царьков
завскладом
1987 Первая встреча, последняя встреча :: Погилевич
бывший сыщик
1987 Она с метлой, он в черной шляпе :: главная роль
1986 Проделки в старинном духе :: Алексей
1984 Особый случай (киноальманах)
1984 Век живи - век люби


1984 Один и без оружия :: Пётр
швейцар
1984 Гостья из будущего :: Крыс
космический пират
1983 Молодость, выпуск 5-й (киноальманах) :: Удалов Карнелий
1983 Золотые рыбки


1983 Гори, гори ясно... :: Сенька
1982 Вокзал для двоих :: Николаша
лейтенант милиции
1982 Братья (короткометражный)
1982 Безумный день инженера Баркасова :: Тятин Иван Силыч
1981 Василий и Василиса :: Василий Вологжин :: главная роль
1981 Без видимых причин :: Важин
начальник тюрьмы
1981 Андрей и злой чародей :: леший
1980 Расследование :: Лосев Александр
сотрудник милиции
1980 Иначе нельзя :: Саша Вальков
1979 Таежная повесть :: Аким :: главная роль
охотник
1979 Ищи ветра :: Васька
1978 Только каплю души :: Фёдор
отец Вовки
1978 Сибириада :: Родион Клементьев
1978 Любовь и ярость :: Коля-божья воля
1978 Крепость :: эпизод
1978 Комедия ошибок :: Дромио :: главная роль
Эфесский и Сиракузский
1977 Кольца Альманзора :: Зензивер :: главная роль
садовник
1976 Тайфун, фас (короткометражный)
1976 Пока бьют часы :: Грызун
начальник королевской стражи
1976 Повесть о неизвестном актёре :: Петя Стрижов
молодой актёр
1976 Двадцать дней без войны :: Паша Рубцов
военкор
1976 72 градуса ниже нуля :: Тошка Жмуркин
1975 Финист - Ясный сокол :: Яшка :: главная роль
писарь
1975 Мои дорогие :: Володя
1975 Капитан Немо :: Консель
1975 Егерь (короткометражный) :: Егор Власович :: главная роль
егерь
1973 Открытие :: Сергей Юрышев в молодости
1973 Однажды летом (киноальманах)
1973 Ты приходи к нам, приходи


1972, 1973 Большая перемена :: Нестор Петрович Северов :: главная роль
"Классный руководитель 9-го "А"
"Я без пяти минут доктор наук. Вы представляете, в мои молодые годы!"
"А эта история на уроке истории просто переполнила чашу терпения!"
"Может быть, ребенка вытащить из горящего дома или там бабушку через дорогу перевести!"
1972 Красные пчелы :: Василий
1972 Здравствуй и прощай :: Митька Ярмолюк :: главная роль
непутёвый муж
"Вы не поп, а я не верующий, чтобы перед вами исповедоваться."
1971 Шутите? (киноальманах) :: Кирилл
1971 Шутите?


1971 Пятнадцатая весна :: немецкий офицер
1971 Держись за облака | Kapaszkodj a fellegekbe! (Венгрия, СССР) :: Соколовы (Комиссар, Комсомолец, Матрос)
1970 Начало :: Павлик
сосед Паши по коммуналке
"Сегодня решается всё: теперь или никогда! Дай ключ!"
"Ух, и стерва же ты!"
"Прасковья, ты "Мцыри" читала? А лорда Байрона?"
"Внимание! Экспромт. Шампанское лилось рекой в честь Прасковьи дорогой!"
1969 Мальчишки (киноальманах) :: Гоша
1969 Новенький


1969 Белый флюгер :: Василий Васильевич Крутогоров
чекист
1968 На войне, как на войне :: Саня Малешкин :: главная роль
младший лейтенант Сан Саныч
1967 В огне брода нет :: Алёша Семёнов :: главная роль
1966-1969 Андрей Рублев :: Фома
1966 Начальник Чукотки :: Бычков Алексей Михайлович :: главная роль
Простому красноармейцу пришлось стать комиссаром и "начальником" Чукотки, где живут одни "товарищи чукчи", а из цивилизованных людей только коллежский регистратор Храмов...
1964 До свидания, мальчики! :: Витя Аникин :: главная роль
"Витька погибнет в 41 году под Ново-Ржевом..."
1963 Утренние поезда :: гость на свадьбе
эпизод на грузовике
(нет в титрах)
1963 Теперь пусть уходит :: Томми
1963 Первый троллейбус :: Колька Чумаков
1963 Павлик Морозов (фильм-спектакль) :: Данилка
1961 Наш общий друг :: Виктор Карягин
школьник-выпускник,получил двойку за сочинение,в котором написал, что не любит Маяковского.


озвучивание
2000 Ночь перед Рождеством (анимационный)
1999 Незнайка на Луне (анимационный)
1996 Короли и капуста (анимационный)
1987 Утиные истории | DuckTales (США, анимационный)
1986 Выше Радуги :: Иван Иванович
роль Юрий Куклачёва
1984 Роман с камнем | Romancing the Stone (США, Мексика) :: Ральф
роль Дэнни ДеВито
1981 Приключения Васи Куролесова (анимационный) :: Вася Куролесов
1981 Сказка, рассказанная ночью :: подмастерье Гуго
роль Дмитрия Кравцова
1980 Мореплавание Солнышкина (анимационный)
1980 Через тернии к звездам :: Пётр Петрович Лебедев
роль Вацлава Дворжецкого
(озвучание новой версии)
1977 Василиса Прекрасная (анимационный)
1973 Невероятные приключения итальянцев в России | Una matta, matta, matta corsa in Russia :: Джузеппе
роль Нинетто Даволи
1971 Дорога на Рюбецаль :: Петряев


Михаил Иванович Кононов скончался 16 июля 2007 года в 10:10 утра в отделении кардиореанимации московской клинической больницы № 20. В Союзе кинематографистов РФ уточнили, что актёр умер от сердечного приступа.

Как пишут российские газеты, великий актёр, забытый друзьями и коллегами, умер в полной нищете. 67-летний артист попал в клинику за две недели до смерти из-за проблем с лёгкими. Однако в больнице его состояние лишь ухудшалось: у Михаила Ивановича просто не было денег, чтобы приобрести необходимые медикаменты.

Вечером 15 июля он впал в кому, его перевели в отделение кардиореанимации, но спасти жизнь артисту не удалось. "Мы с друзьями собрали небольшую сумму, чтобы купить Михаилу Ивановичу лекарства, — говорит сосед Кононова по палате. Но было уже поздно, мы не сумели его спасти".

Похоронен актёр на Ваганьковском кладбище в Москве.