Главное визуальное отличие у дисков с GPT - будет раздел MSR, у дисков с MBR - его нет. Это при условии, что Вы переустанавливаете систему. При установке на GPT раздел MSR создается автоматически. Как писал ранее, если система стояла на GPT диске и человек хочет сохранить свои файлы, приходится эту разметку оставить, либо искать внешний накопитель чтобы на время сохранить файлы пользователя. Надо понимать, что 32 разрядные старые операционные системы не понимают GPT, вернее не могут с такого диска запуститься.
Тут имеется таблица от мелких, что и как:

Надо понимать что ОС будет грузится с диска GPT только в том случае, если у Вас включен UEFI. Да и еще, если ваш диск планируется как сетевое хранилище для телевизора, ресивера и т.д. GPT так же не подойдет, потому как эти устройства пока не понимают разметку GPT.
В итоге мы имеем, что использование GPT нужно только в случае если загрузочный диск с операционной системой имеет размер от 3Тб и выше, причем такой диск не виден по сети для ресивера, телевизора и т.д. В остальных случаях пока целесообразно использовать диск с MBR. Но есть одно но, ноуты с предустановленной системой (начиная с Восьмерки, это требование мелких) идут с GPT разметкой диска.

По поводу раздела, где система хранит файлы загрузчик и файлы для восстановления. Семерка и Восьмерка плохо их различала, когда они оставались от старой ОС (их размер от 100 Мб в Семерке до 500 в Десятке). Поэтому я их всегда удалял, чтобы при установке они создались заново - это и есть ичстая установка. Видел ПК где таких разделов было несколько, а по факту системой использовался максимум один.
Еще пример разделов по умолчанию у предустановленной ОС или как их рекомендуют создавать и размещать мелкие:
UEFI и GPT разметка диска
Снимок.JPG
BIOS или UEFI в режиме legacy (+CMS)
Снимок1.JPG
подробнее можно почитать здесь.